Desde el año 1995, la CONFER viene publicando Cuadernos CONFER. Esta publicación, que no tiene una periodicidad determinada, ha venido realizando la importante función de llevar a los interesados documentos de importante relevancia, que por su contenido no encajaban en las temáticas propias de las publicaciones periódicas.

Títulos tan sugerentes y puntuales como: Catequesis sinodal sobre la V.R.; Pastoral vocacional en la Iglesia de Europa; La compleja figura de la secretaria provincial; Colaboración entre institutos para la formación; V.R., pasión por Cristo, pasión por la humanidad; El erizo y el pelícano, pueden darnos un idea de la multifacética temática que cubre esta publicación de la CONFER.

Además, el carácter de esta publicación permite paréntesis fecundos como el que acogió durante el trienio 2006-2009, en el que se editaron los cuadernos de reflexión sobre “Presencias y resonancias de Dios en las periferias y fronteras de la vida”. Nueve cuadernillos que ayudaron a reconocer que Dios habita la realidad más humana de la vida.