El Secretario General, o en su caso la Secretaria, está al servicio de la CONFER para la adecuada coordinación y ejecución de las decisiones y actividades de la misma y de todos sus organismos. Tiene la responsabilidad de la Sede en general, de la Secretaría General y del Equipo Directivo ante el Presidente, el Consejo General y la Asamblea General.

El Secretario General depende directamente de la Presidenta a quien deberá asesorar y ayudar en el despacho de los asuntos. En orden a su ejecución, asumirá todos los asuntos que le delegue la Presidencia. También es miembro de la Asamblea General y del Consejo General, con voz activa.

Se trata de una dirección coordinada de todas las actividades de la sede y de la relación y representación, por función o por delegación, de la institución con otras instituciones: CIVCSVA (Santa Sede), CEE (Conferencia Episcopal: Secretaría General, Comisión Episcopal para la Vida Consagrada, COBYSUMA), Nunciatura, FERE-CECA, Ministerio de Justicia, INSS, AEAT, Institutos de Vida Religiosa, Universidades, Cáritas, etc.

La Secretaria General Adjunta, o en su caso el Secretario, colabora  con la Secretaria General, en las actividades de la CONFER para la adecuada coordinación y ejecución de las decisiones de la misma y en aquellos trabajos que le sean delegados. Es nombrado por el Consejo General por un periodo renovable de cuatro años. Puede desempeñar este trabajo cualquier religioso/a que, gozando de las cualidades exigidas para este cargo, tenga la autorización de su Superior/a Mayor.